督察内审司是国家税务总局主管税收执法监督检查、内部财务审计和领导干部经济责任审计的职能部门。主要职责是：拟订全国税务系统内部控制和督察审计工作制度；负责税务系统内部控制工作的组织和管理；组织、指导实施税收执法督察、内部财务审计和领导干部经济责任审计，督促检查税务系统贯彻落实上级重大决策部署情况；组织实施税务系统税收执法责任制工作；对税务总局特派办督察审计工作进行组织、协调、管理；对税务总局驻各地特派办、各省税务局实施的督察审计工作进行质量检查；协调配合外部监督，统筹协调内部监督检查工作；参与实施“一案双查”工作；办理税务总局领导交办的其他事项。

内设处室：

综合处、计划和制度处、内控管理处、执法督察处、审计监督处、质效管理处、联络协作处。